La chiesa di S. Francesco d'Assisi a Catania attraverso i suoi sette secoli di storia, è legata, come è evidente, alla presenza dei francescani. 

I figli di S. Francesco vennero a Catania nella seconda decade del 1200 e si sistemarono nella chiesetta di San Michele (1254), sita nei pressi del Castello Ursino. Come altrove, essi incontrarono l'ostilità del Capitolo della Cattedrale, che li costrinse ad abbandonare il luogo. Alessandro IV (26.04.1256) ordinò di non molestarli, ma gli eventi politici, maturati sotto Manfredi, costrinsero i frati ad abbandonare (1260 c.) la chiesa di San Michele e a trasferirsi nella chiesa della Speranza. Ma ancora una volta furono perseguiti dal vescovo di Catania Boccamazza, che fece distruggere quanto avevano costruito. 

Ci vollero altri interventi, sia di Gregorio X (07.07.1274), sia di Nicolò III (10.07.1276), e sopratutto la fine del dominio francese (1282) e l'avvento della dinastia Aragonese, per dare un pò di pace. Infatti solo nel 1329, per opera della regina Eleonora, i francescani a Catania poterono avere una sede definitiva, in cui costruirono la chiesa e il convento.


A questa costruzione contribuì non poco fr. Geraldo Oddone (Guiral Ot), già Ministro generale dell'Ordine e in quel periodo arcivescovo di Catania. Forse a causa della peste nera del 1348, i lavori dovettero soffrire qualche remora, comunque non ci costa quando fu ultimata la costruzione. 

È dedicata a S. Francesco, come quasi tutte le nostre più antiche chiese, però per la devozione sviluppatasi in essa all'Immacolata, così come è avvenuto a Palermo e a Messina, anche a Catania, la chiesa viene detta dell'Immacolata.


Il convento, che sorgeva accanto alla chiesa per volere di Elisabetta, sposa ad un figlio di Eleonora, fin dai tempi remoti fu sede di uno studio Generale dell'Ordine, come risulta da un elenco del 1480.


Il 25 luglio 1525 malauguratamente il nostro convento passava agli Osservanti. Ma per poco tempo: per interessamento del P. Matteo Ciaccio nel 1532 ritornò a noi sebbene spoglio dei beni, che gli Osservanti avevano fatto perdere.



Nel sec. XVII vi fioriva un seminario per i professi con uno Studio di III classe. Di ottimo sito, ci dice il Cagliola, di forma eccellente, aveva due chiostri. Ma lo splendore ammirato dal Cagliola, ben presto si ridusse ad un ammasso di rovine. L'11 gennaio del 1693, chiesa e convento venivano abbattuti dal terremoto che distruggeva tutta Catania.


Dell'antica struttura non rimase nulla; la nuova costruzione, sebbene ripeta le antiche dimensioni, pure fu condotta con nuovo spirito del tardo barocco. Questa costruzione durò per tutto il secolo XVIII e gli inizi del XIX. Nel 1834 per decreto capitolare questo convento è designato come unico educandato della Provincia, ma poco dopo si dovette chiudere a causa del colera. Più tardi nel 1857 venne occupato in parte dai soldati, che vi rimasero fino al 1866, quando i frati dovettero abbandonare tutto, rimanendo soltanto alcuni per officiare la chiesa. Nel 1899 si comprò dal Demanio parte dell'antico convento e così i nostri poterono ricostituire la famiglia religiosa.


Nella guerra del 1939-1945 subì alcuni danni che vennero coraggiosamente riparati dai frati ivi di famiglia.